ระบบฐานข้อมูลสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ ได้มีการดำเนินการจัดทำ ภายใต้เว็บไซต์ https://naturalsite.onep.go.th มาตั้งแต่ปี 2561 โดยได้มีการรวบรวมและจัดเก็บข้อมูลแหล่งธรรมชาติอันควรอนุรักษ์ที่มีคุณค่าและความสำคัญ และได้รับการประกาศเป็นแหล่งธรรมชาติอันควรอนุรักษ์ ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 7 พฤศจิกายน 2532 และแหล่งธรรมชาติของท้องถิ่น และใช้ประโยชน์ฐานข้อมูลในการติดตาม และประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมและระบบนิเวศของแหล่งธรรมชาติ